HIV 阳性患者:HIV 阳性患者的患病率为 9.8%。当分化抗原4(cluster of differentiation,CD4)阳性T淋巴细胞计数低于 200/mm3 时,HIV 感染者发生食管念珠菌病的风险增加。由于高效抗逆转录病毒治疗(highly active antiretroviral therapy,HARRT)有效,食管念珠菌病在 HIV 感染者中的发病率似乎正在下降。
非 HIV 感染者:食管念珠菌病在非 HIV 感染者中的发病率似乎不断增加,可能是由于存在糖尿病等合并症,或者是由于使用抗生素和皮质类固醇等药物所致。