溶组织内阿米巴可破坏宿主的天然屏障作用而侵入肠壁并随血液循环侵入组织。巨噬细胞介导的抗阿米巴免疫应答是宿主抗阿米巴感染的重要因素。巨噬细胞起了重要的杀伤阿米巴和抗原提呈作用。Th 1 型细胞因子,尤其是 IFN-γ和 TNF-α可活化巨噬细胞、中性粒细胞,促进其释放 NO 而杀伤阿米巴滋养体。在感染初期保护性免疫主要是细胞介导的免疫应答,而体液免疫只起到辅助作用。在活动性感染时,虫体抗原可调节巨噬细胞和 T 细胞的反应性,尤其是在肝阿米巴病的急性期,机体处于暂时免疫抑制状态,该阶段有利于虫体存活。